A la Junta Directiva le corresponde velar por el correcto accionar de la Federación y la definición de políticas generales para el fortalecimiento de las organizaciones afiliadas y el sector no lucrativo.
Presidente
Javier Sandoval Loría
Vice-Presidente
Carlos Chaverri Guerrero
Secretario
Sergio Montero Mejía
Tesorera
Gabriela Bonilla Rubí
Fiscal
Patricia Quesada Marín
Vocal
Oscar Sojo Alemán
Vocal
María Conzuelo Almanza Briceño