La Junta Directiva de la Federación de Organizaciones Sociales, está constituida por representantes de las diferentes organizaciones asociadas, los cuales de forma democrática son electos en Asamblea General por un período de 4 años. A la Junta Directiva le corresponde velar por el correcto accionar de la Federación y la definición de políticas generales para el fortalecimiento de las organizaciones afiliadas y el sector no lucrativo.